This is a general purpose function to send data request which can be used when there has not been an R equivalent package function to an API endpoint. Underneath this is a wrapper around httr functions with better handling of returned status.

query_epigraphdb(
  route,
  params = NULL,
  mode = c("raw", "table"),
  method = c("GET", "POST"),
  retry_times = 5,
  retry_pause_min = 4
)

Arguments

route

An EpiGraphDB API endpoint route, e.g. "/mr" or "/confounder". Consult the EpiGraphDB API documentation.

params

A list of parameters associated with the query endpoint.

mode

c("raw", "table"), if "table" then the query handler will try to convert the returned data to a tibble dataframe. NOTE: The default mode is "raw" which will NOT convert the returned response to a dataframe. This is different to functions that query topic endpoints which default to return a dataframe. Explicitly specify mode = "table" when needed.

method

Type of HTTP (GET, POST, PUT, etc.) method.

NOTE: When sending a POST request where a specific parameter is specified as a list on the API, and if the equivalent in R is a vector of length 1, you should wrap this parameter in I(), e.g. I(c("APOE")) to avoid auto unboxing. For details, please refer to httr::POST

retry_times

Number of times the function will retry the request to the API.

retry_pause_min

Minimum number of seconds to wait for the next retry.

Value

Data from an EpiGraphDB API endpoint.

Examples

# GET /mr # equivalent to `mr(exposure_trait = "Body mass index", outcome_trait = "Coronary heart disease")` query_epigraphdb( route = "/mr", params = list( exposure_trait = "Body mass index", outcome_trait = "Coronary heart disease" ), mode = "table" )
#> # A tibble: 18 x 10 #> exposure.id exposure.trait outcome.id outcome.trait mr.b mr.se mr.pval #> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> #> 1 ieu-a-2 Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.464 0.0415 5.46e-29 #> 2 ebi-a-GCST0… Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.457 0.0410 3.33e-20 #> 3 ieu-a-974 Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.389 0.0493 3.42e-15 #> 4 ieu-a-835 Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.417 0.0492 1.00e-11 #> 5 ieu-a-974 Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.320 0.0536 2.32e- 9 #> 6 ieu-a-2 Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.358 0.0535 5.91e- 9 #> 7 ieu-a-835 Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.397 0.0604 1.79e- 8 #> 8 ebi-a-GCST0… Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.341 0.0590 1.24e- 7 #> 9 ieu-a-95 Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.371 0.0708 1.62e- 7 #> 10 ebi-a-GCST0… Body mass index ieu-a-6 Coronary hear… 0.493 0.0986 5.88e- 7 #> 11 ieu-a-785 Body mass index ieu-a-9 Coronary hear… 0.395 0.0609 1.07e- 6 #> 12 ebi-a-GCST0… Body mass index ebi-a-GCST… Coronary hear… 0.309 0.0648 1.81e- 6 #> 13 ebi-a-GCST0… Body mass index ieu-a-8 Coronary hear… 0.309 0.0648 1.81e- 6 #> 14 ebi-a-GCST0… Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.275 0.0514 2.76e- 6 #> 15 ieu-a-95 Body mass index ieu-a-7 Coronary hear… 0.455 0.0971 2.82e- 6 #> 16 ieu-a-2 Body mass index ieu-a-8 Coronary hear… 0.317 0.0686 3.93e- 6 #> 17 ieu-a-2 Body mass index ebi-a-GCST… Coronary hear… 0.312 0.0688 5.86e- 6 #> 18 ieu-a-974 Body mass index ieu-a-8 Coronary hear… 0.328 0.0731 6.97e- 6 #> # … with 3 more variables: mr.method <chr>, mr.selection <chr>, #> # mr.moescore <dbl>
# GET /meta/nodes/Gwas/list query_epigraphdb( route = "/meta/nodes/Gwas/list", params = list( limit = 5, offset = 0 ) ) %>% str(1)
#> List of 2 #> $ metadata:List of 3 #> $ results :List of 5
# POST /protein/ppi query_epigraphdb( route = "/protein/ppi", params = list( uniprot_id_list = c("P30793", "Q9NZM1", "O95236") ), method = "POST" )
#> $metadata #> $metadata$query #> [1] "MATCH p=(protein:Protein)-[r:STRING_INTERACT_WITH]-(assoc_protein:Protein) WHERE protein.uniprot_id IN ['P30793', 'Q9NZM1', 'O95236'] RETURN protein {.uniprot_id}, assoc_protein {.uniprot_id}" #> #> $metadata$total_seconds #> [1] 0.012932 #> #> $metadata$empty_results #> [1] FALSE #> #> #> $results #> $results[[1]] #> $results[[1]]$protein #> $results[[1]]$protein$uniprot_id #> [1] "P30793" #> #> #> $results[[1]]$assoc_protein #> $results[[1]]$assoc_protein$uniprot_id #> [1] "O14638" #> #> #> #> $results[[2]] #> $results[[2]]$protein #> $results[[2]]$protein$uniprot_id #> [1] "P30793" #> #> #> $results[[2]]$assoc_protein #> $results[[2]]$assoc_protein$uniprot_id #> [1] "P20711" #> #> #> #> $results[[3]] #> $results[[3]]$protein #> $results[[3]]$protein$uniprot_id #> [1] "P30793" #> #> #> $results[[3]]$assoc_protein #> $results[[3]]$assoc_protein$uniprot_id #> [1] "O43556" #> #> #> #> $results[[4]] #> $results[[4]]$protein #> 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